I 2003 bryter sivilisasjonen sammen da en voldsom pandemi av smittsom, parasittisk sopp sprer seg over kloden. 20 år senere ligger verden i ruiner og smitten herjer fortsatt, mens menneskeheten kjemper en desperat kamp for å overleve.
Yellowjackets andre sesong er enda mørkere, galere og mer dramatisk enn den første, både i nåtiden og fortiden.